Budovy a učebny

Hlavní budova FJFI se nachází na Praze 2 v Břehové ulici č. 7 v sousedství Právnické fakulty a Pražské konzervatoře. Druhou budovou je pak bývalý chemický ústav v Trojanově ulici blízko Karlovu náměstí. Některé laboratoře jsou stále v budově UK v Troji, kde je umístěn i školní jaderný reaktor VR-1, přezdívaný Vrabec. Další budova je v Pohraniční ulici v Děčíně.